Další výrazné změny nastaly u ČSA po roce 1989.
Byla započata rozsáhlá obnova sovětského/ruského letadlového parku. V roce 1991 byl v ČSA nasazen první stroj západoevropského konsorcia Airbus Industries A310-300. V dalších letech následoval další Airbus, letadla ATR a Boeing 737. V roce 2000 mají ČSA 2 ks A310-300, 17 ks Boeing 737 (B 737-400 a B 737-500), 9 ks ATR(ATR 72-200 a ATR 42-400). V roce 1991 byl od ČSA převzat provoz tuzemských letišť a Česká správa letišť (ČSL) se stala provozovatelem a správcem hlavních mezinárodních letišť v ČR, kterými jsou Praha – Ruzyně, Ostrava – Mošnov, Brno – Tuřany a Karlovy Vary – Olšová vrata.
V druhé polovině 1992 se tehdejší Československé aerolinie změnily na akciovou společnost a uzavřely dohodu o strategické spolupráci s Air France. Akcionářem ČSA se také stala Evropská banka pro obnovu a rozvoj (EBRD) Spolupráce s Air France však skončila již v roce 1994 prodejem kapitálové účasti Air France Konsolidační bance. Tato banka také v roce 1997 odkoupila akciový podíl EBRD. Vlivem spolupráce s Air France byla v roce 1993 založena dceřiná společnost ČSA pod názvem AMADEUS Marketing CSA, která začala zavádět do prostředí cestovních agentur České a Slovenské republiky globální rezervační a distribuční systém AMADEUS. V květnu došlo s ohledem na majoritní podíl českých subjektů v ČSA na změnu jména z Československých na České aerolinie. V dubnu 1996 byl zahájen Code – share provoz s americkou leteckou společností Continental Airlines a ČSA se přesunula z JFK New York na letiště Newark. V říjnu roku 2000 podepsaly ČSA pozvání pro vstup do aliance Sky Team s tím, že řádným členem aliance se stanou k 1.4.2000.
